Als Renchen von Ulm getrennt und zur selbständigen Pfarrei erhoben wurde — spätestens 1453, wahrscheinlich aber schon dreihundert Jahre früher —‚ wurde Wagshurst Filiale von Renchen und blieb es bis 1798.
1747 wurde in Wagshurst eine neue Kirche erbaut zu Ehren Mariä Opferung. Im gleichen Jahr erbaten sich die Wagshurster vom zuständigen Bischof in Straßburg einen regelmäßigen Sonntagsgottesdienst. Die Bitte wurde gewährt. Renchen erhielt einen zweiten Vikar, der von Renchen aus die Gottesdienste in Wagshurst versah.
1780 wurde dann Wagshurst zur Lokalkaplanei erhoben - Kuratie würden wir heute sagen -mit einem eigenen Pfarradministrator vor Ort (,‚vicanus in loco residens"). Wenn dieser auch dem Pfarrer in Renchen weiterhin unterstellt blieb, so war damit doch die Erhebung von Wagshurst zur selbständigen Pfarrei eingeleitet.
Als wenige Jahre später in Renchen der Bau einer neuen Kirche dringend anstand, (die bisherige Kirche war so baufällig geworden, dass sie nicht mehr benutzt werden durfte!) und dazu auch Wagshurst, das als Lokalkaplanei immer noch zum Kirchspiel Renchen gehörte, zu den anfallenden Baulasten beigezogen werden sollte, war das für die Wagshurster das
Signal, nun verstärkt in Straßburg die endgültige Lostrennung von Renchen zu betreiben. Sie haben ihr Zielerreicht.
Am 6. Oktober 1798 wurde Wagshurst durch bischöfliches Dekret zur selbständigen Pfarrei erhoben, und damit auch der Last zum Kirchenneubau in Renchen enthoben, was durch ein weiteres Dekret vom 14. August 1802 noch ausdrücklich bestätigt wurde.
1798 bekamen die Wagshurster auch einen neuen Kirchenpatron: Johannes der Täufer, dessen Fest am 24. Juni in der ganzen Kirche gefeiert wird. Bis dahin war die Wagshurster Kirche zu Ehren der allerseligsten Jungfrau Maria unter dem Titel „Mariä Opferung" geweiht.
Die kriegerischen Auseinandersetzungen, die mit der französischen Revolution und mit dem Namen Napoleon verbunden sind und die zu zahlreichen politischen und gesellschaftlichen Veränderungen in ganz Europa geführt hatten, machten auch eine Neuordnung und Neuumschreibung der Bistumsgrenzen in unserem Lande notwendig. Seit 1827, als die Erzdiözese Freiburg errichtet und der erste Bischof ernannt war, gehört Wagshurst zu Freiburg.
Von 1984 an hat Wagshurst keinen eigenen Pfarrer mehr am Ort. Zunächst wurde es von Önsbach und dann von Renchen aus seelsorgerlich mit betreut. Von November 1996 bis Juli 2001 war noch einmal vorrübergehend für die Pfarrgemeinde Wagshurst ein eigener Pfarradministrator zuständig. Danach begann die Zusammenarbeit in der Seelsorgeeinheit „Achern-Land", die dann offiziell am 1. Januar 2002 von Erzbischof Dr. Oskar Saier errichtet wurde. Zu dieser Seelsorgeeinheit gehören neben Wagshurst noch die Pfarrgemeinden Gamshurst, zugleich Sitz des Leiters der Seelsorgeeinheit, Großweier und Önsbach.
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Nationalparkregion Schwarzwald - Achertal
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